Вода вокруг Японии стала чужой. Океанская Империя расставила патрули так плотно, что рыбаки возвращаются с пустыми сетями, а торговые суда идут в обход, сжигая лишнее топливо. Порты притихли, верфи гудят круглосуточно. На этом фоне гениальный конструктор Оки Джузо достраивает субмарину, которая может в одиночку влезть в драку с имперским флотом. На борт берут его сына Сусуму. Парень молодой, но руки золотые: моторный отсек для него как родной дом, каждый клапан знает на ощупь.

Первые выходы в море проходят гладко, пока лодка не ловит сигнал, которого быть не должно. Оказывается, у противника свои виды на этот экипаж, и не все в команде играют в открытую. Сусуму приходится чинить пробоины, разбираться с механиками, которые не доверяют новичку, и одновременно думать, кому вообще можно верить. Долг перед страной и долг перед отцом тянут в разные стороны, а приказы сверху не всегда совпадают со здравым смыслом.

Снаружи их поджидают торпеды и глубинные бомбы, внутри зреет трещина. И когда становится ясно, что Океанская Империя знает о Супер 99 больше, чем положено врагу, возникает один вопрос: кто на самом деле ведёт эту лодку на дно?